JR琵琶湖線はJR西日本の新快速が主に運転される敦賀(福井県)－長浜(滋賀県)－米原(滋賀県)－京都(京都府)－大阪－神戸－姫路－播州赤穂のうち、長浜－京都のことを指す路線愛称です。
米原－京都は東海道本線に属し、東京駅から直通運転される列車も通過します。草津駅で草津線と、山科駅で湖西線と合流するため、草津－京都間は草津線の電車、山科－京都間は湖西線の電車も走行します。
路線は草津以東が複線、草津以西が方向別複々線となっており、ラッシュ時には新快速と快速(京都まで普通)の並走も見られます。京都以西の電車線(緩行 線・内側線)が最高速度120km/h仕様であるのに対し、草津－京都間の電車線は130km/h仕様なので、ラッシュ時以外は新快速を含め電車線を走行 し、列車線（外側線）は貨物列車・回送列車のみ走行します。
運行される列車
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特急
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「びわこエクスプレス」米原・草津－大阪
「はるか」米原・草津－関西空港
「しなの」（長野－）米原－大阪
「ひだ」（高山－）米原－大阪
「サンライズ出雲」「サンライズ瀬戸」（東京－）米原－京都間通過（－出雲市・高松）
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281系など
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貨物
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（東京貨物ターミナル－）米原－京都間通過（－福岡貨物ターミナルなど）
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EF210形など
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新快速
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（敦賀）・（近江塩津）・長浜・米原・野洲・草津－大阪方面
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223系1000番台
223系2000番台
225系0番台
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快速
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（近江塩津）・長浜・（大垣）・米原・安土・野洲・草津－大阪方面
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221系
223系1000番台
223系2000番台
225系0番台
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普通
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野洲・草津－大阪方面、草津線直通－京都、湖西線直通－京都
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113系
117系
207系
321系
221系
223系1000番台
223系2000番台
225系0番台
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